Personalizovana medicina
Opšteprihvaćena činjenica je da je svaki čovek jedinstven. Kada se osoba razboli dobija dijagnozu koja ima svoje ime na latinskom jeziku i oznaku slovom i brojem iz Međunarodne klasifikacije stanja i bolesti. To viđate na svakom izveštaju lekara koji ste dobili. Svaka ta dijagnoza za istu bolest ima isto latinsko ime i isti broj i slovo kod svakog pacijenta. Savremena medicina pokušava da za svakog pacijenta pronađe specifičnosti unutar iste dijagnoze i to je osnov personalizovane medicine. Te specifičnosti su, uglavnom, zasnovane na genetici pacijenta i često utiču na izbor terapije ili različite preventivne mere koje je moguće preduzeti da se bolest ne javi. Ja ću Vam pomoći da pronađete specifičnosti svoje bolesti i da zajedno sa nadležnim lekarom odaberemo najbolju moguću terapiju za lečenje Vaše bolesti a koja uzima u obzir Vašu jedinstvenost.
- Ne postoji uniformna terapija za tumore – svaki pacijent i svaki tumor je poseban!
- Svaki tumor je posledica genetičkih promena u tumorskom genomu. To su somatske mutacije, promene u DNK koje se dešavaju tokom života.
- Kod svakog 5. pacijenta predispozicija za tumor je nasleđena!
Šta je genetička dijagnostika tumora?
Genetička dijagnostika tumora je moćan alat koji otkriva predispozicije za tumor, identifikuje postojeće bolesti i daje uvid u mehanizam njihovog razvoja.
Na temelju dobijenih informacija doktori koji leče pacijente s tumorom mogu odrediti najučinkovitiju terapiju za povećanje izgleda za oporavak.
Genetičku dijagnostiku treba rano integrisati u dijagnostički plan – jer je prava dijagnoza osnova za optimalno lečenje tumora.
Tumorski razvoj iz ćelija sa mutiranim genima
Tokom celog života, prirodno je da se naše ćelije dele, rastu i umiru, Sva tri procesa su strogo kontrolisana genima. Geni koji učestvuju u kontroli ovih procesa, pod različitim uticajima, kao što su duvanski dim ili UV zračenje mogu mutirati. Loše popravljena mutacija onemogućava genima da vrše kontrolu što dalje dovodi do nastanka karcinoma.
Svaki tumor je poseban – sadrži specifične mutacije koje uzrokuju nekontrolisani rast tumora.
Genetičkom analizom saznajemo specifičnosti određenog tumora i određujemo efikasnu terapiju koja cilja samo ćelije koje imaju određenu mutaciju. Time sprečavamo da hemioterapija ošteti zdrave ćelije bez mutacija.
Cancer Precision
Analizira 787 somatskih gena povezanih sa tumorima kao i odabrane fuzije 31 gena koje utiču na terapijsku efikasnost.
Sveobuhvatna molekularno-genetička analiza tumora koja se zasniva na NGS sekvenciranju i pogodna je za sve solidne tumore. Ova analiza pruža osnovu za donošenje odluka o personalizovanim terapijama, bez obzira na stadijum tumora ili primarnu lokalizaciju. Analizira se 787 gena, 31 RNA fuzija relevantna za terapiju i ključni biomarkeri kao što su mutaciono opterećenje tumora (TMB), mikrosatelitska nestabilnost (MSI), nedostatak homologne rekombinacije (HRD) i potencijalne onkogene virusne infekcije. Ključna komponenta Cancer Precision analize je poređenje tumorskog i normalnog tkiva, što omogućava pouzdano razlikovanje između somatskih (stečenih) i naslednih mutacija. Samo na ovaj način se genetički nalazi mogu pravilno klasifikovati i izbeći pogrešna tumačenja.
Cancer Detect
Tečna biopsija predstavlja optimalnu proceduru testiranja u slučajevima gde tumorsko tkivo nije dostupno, kao na primer kod neresektabilnih tumora ili lošeg stanja pacijenta. Cancer Detect analiza omogućava precizno otkrivanje genetičkih varijanti tumora, čak i kada je koncentracija tumorske DNA u krvi veoma niska. Cancer Detect koristi jedinstvenu tehnologiju molekularnog dijagnostifikovanja ćelijske DNA i može se koristiti za praćenje terapijskog odgovora i rezistencije na lekove.
Glavni cilj – analiza slobodne ćelijske DNA (cfDNA) koja se otpušta u krv iz umirućih ćelija tumora.
Cancer Precision Double Best
Kompleksna i opširna analiza za koju se koristi tumorsko tkivo (parafinski kalupi) i krv pacijenta iz koje se radi tečna biopsija. Predstavlja kombinaciju Cancer Precision analize i tečne biopsije. Paralelna analiza tumorskog tkiva i krvi pacijenta omogućava sveobuhvatan uvid i pruža maksimalan broj relevantnih informacija neophodnih za precizno donošenje terapijskih odluka.
MRD (Minimalna Rezidualna Bolest)
Analiza kojom se detektuje i minimalna tumorska DNA u krvotoku pacijenta i čine je dve faze. Prvi deo, MRD Fingerprinting je analiza tumorskog i zdravog tkiva. Radi se samo jednom i njome se dobija takozvani ’’otisak tumora’’, dok je MRD Monitoring analiza krvi koja koristi podatke dobijene iz prvog koraka MRD analize. MRD monitoring otkriva prisustvo ili relaps tumora značajno pre standardnih metoda (stepen detekcije 0,1% tumor-specifičnih mutacija). MRD monitoring se može ponavljati na svaka 3 do 4 meseca.
Cancer Essential
Genetički panel za određene tumorske entitete na osnovu kojih se dobija preporuka ciljane terapije. Cancer Essential ima visoku pokrivenost od preko 1000x, a rezultati stižu za 3 nedelje. U zavisnosti od tipa tumora, postoji više vrsta Cancer Essential analize koje sadrže različite gene ( kolorektalni tumori, gliomi, gastrointestinalni tumori.. ).
Cancer Neo
Analiza egzoma tumora koja pronalazi tumor-specifične mutacije i predviđa “neoepitope” koji predstavljaju važnu metu za ciljano uništavanje tumora, bez uticaja na okolno, zdravo tkivo.
Cancer Advice
Konzilijum nemačkih onkologa nakon urađenih genetičkih analiza tumora gde se analiziraju dobijeni rezultati i pruža se pomoć u određivanju ciljanih terapija.
Savremena imunohistohemija
Laboratorijska tehnika koja se koristi za detekciju specifičnih antigena (proteina) u presecima tkiva korišćenjem vezivanja antitela i antigena omogućavajući identifikaciju tipova ćelija i biomarkera.
Ne postoji uniformna terapija za tumore
- svaki pacijent i svaki tumor je poseban
Svaki tumor
– posledica genetičkih promena u tumorskom genomu (somatske mutacije)
= tumori genetske bolesti.
Svaki 5.pacijent – predispozicija za tumor nasleđena
Tumorski razvoj
- iz ćelija sa mutiranim genima
Normalan proces – popravljanje sistemima popravke ćelijske DNA.
Izlaganje karcinogenima (materijama koje pospešuju nastanak karcinoma), kao što su duvanski dim ili UV zračenje povećava broj mutacija.
Loše popravljena mutacija – dovodi do nastanka karcinoma
Svaki tumor je poseban – sadrži specifične mutacije koje uzrokuju rast tumora
Genetičkom analizom saznajemo specifičnosti određenog tumora i određujemo efikasnu terapiju koja cilja samo ćelije koje imaju određenu mutaciju. Time sprečavamo da hemioterapija ošteti zdrave ćelije bez mutacija.
Cancer Precision test
Analiza panela od 766 gena koji su povezani sa tumorima i odabrane fuzije 31 gena koje utiču na terapijsku efikasnost. Varijacije u tim genima su poznate po uticaju na nastanak tumora, progresiju tumora i metastaziranje tumora.
Određivanje TMB (Tumor Mutational Burden), to jest potencijal tumora za mutacije kao MSI (Microsatellite Instability), to jest nestabilnost mikrosatelita DNA koji utiču na moguće terapije najnovijim imunomodulatornim lekovima. Ciljana analiza fuzija RNA omogućava određivanje fuzijskih transkripta u 106 gena.
- Pokriva visoki prosek sekvencioniranja kako bi pronašao subklonalne varijante gena: 500-1000 puta ponavljanje
- Senzitivnost 99,9%, Specifičnost 99,9%
- Ciljana analiza fuzija RNA baziranih fuzija gena - već za 3-4 nedelje od prijema uzorka
Medicinski izveštaj sadrži:
- Varijante mutacija sa potencijalnim terapijskim značajem
- Određivanje TMB I predviđanje MSI Predlog ciljane terapije - lek za svaku mutaciju
- Opsežno pojašnjenje puteva razvoja tumora
- Određivanje CNV (copy number variation)
- Sekvencioniranje i tumorskog normalnog tkiva
Dodatne usluge:
- Proširena opcija izveštaja
- Analiza fuzija RNA
Uzorak za analizu treba da sadrži:
- Normalno tkivo - 1-2ml EDTA epruveta krvi
- Tumorsko tkivo - parafinske pločice patohistološkog nalaza tumora sa učešćem tumora u tkivu od minimum 20%
U dijagnostici tumora, najvažnije je odvojiti varijante koje su ograničene na tumor (somatske varijante) i uporediti ih sa onima koje predstavljaju zdravo tkivo (germline varijante). Jedini ispravan način za određivanje varijanti u zdravom tkivu je sekvencioniranje odgovarajućeg zdravog tkiva zajedno sa tumorskim tkivom.
Tumor Detect - tečna biopsija
Tečna biopsija predstavlja optimalnu proceduru testiranja u slučajevima gde tumorsko tkivo nije dostupno, kao na primer kod neresektabilnih tumora ili lošeg stanja pacijenta.
Glavni cilj – analiza slobodno ćelijske DNA(CfDNA) koja se otpušta u krv iz umirućih ćelija tumora.
Veoma osetljivom detekcijom tumor-specifičnih biomarkera, analiza slobodne ćelijske DNA može se koristiti za praćenje terapijskog odgovora i rezistencije na lekove.
STANDARDNI UZORAK
• 3 CfDNA epruvete sa po 10ml krvi
• Vreme obrade uzorka: 3-4 nedelje od prijema u laboratoriju
• Varijante sa mogućim uticajem na terapijski pristup
• Detekcija rezistencije na lekove
• Detekcija ponovnog javljanja tumora
• Jedinstvena tehnologija molekularnog dijagnostifikovanja ćelijske DNA može se koristiti za praćenje terapijskog odgovora i rezistencije na lekove.
Najnovija tehnologija primenjena u CancerDetect omogućava pronalaženje mutacija u ciljanim regionima i sa jako malim postotkom tumorske DNA. Upotreba jedinstvenih molekularnih markera pre PCR-a, povećava senzitivnost i tačnost sekvencioniranja pronalazi varijante sa učestalošću od samo 0,25% U DNA.
Cancer Neo
Personalizovana tumorska vakcina – veoma snažna terapijska opcija za pojačavanje imunog odgovora na ćelije tumora.
Analiza exoma tumora pacijenta pronalazi tumor-specifične mutacije predviđa “neoepitope” koji su važna meta za uništavanje tumora. Ekspresija ovih “neoantigena” se potvrđuje analizom RNA prepisa ćelija iz uzorka sa tumorom.
“Neoepitopi” su patološki peptidi. Ćelije ljudskog tela stalno predstavljaju peptide na svojoj površini, tako pokazujući trenutno stanje unutar ćelije. Imune ćelije mogu prepoznati normalne peptide za razliku od patoloških i koristeći ovu informaciju odlučiti da li da unište ćeliju ili ne. “Neoepitopi” se proizvode usled mutacija u tumoru predstavljaju metu za eliminaciju tumora. Kako bi pojačali prepoznavanje “neoepitopa” daje se vakcina kao potpora terapiji tumora.
Antigen - prezentujuća ćelija
Detalji analize
Dijagnostika tumorskih “neoantigena”
Sekvencioniranje celog exoma tumorskog i normalnog tkiva koristeći Cegat Exomextra
Detaljna analiza varijanti 766 gena značajnih za terapijski izbor
Medicinski izveštaj sa listom varijanti od terapijskog značaja
Terapijske opcije zasnovane na somatskim mutacijama
Određivanje TMB (Tumor Mutational Burden) | MSI (MicroSatellite Instability)
Detaljan opis ćelijskih puteva značajnih za razvoj tumora
Detekcija CNV (Copy Number Variants)
Sekvencioniranje cele tumorske RNA
Tipiziranje i klase HLA gena
Predviđanje “neoepitopa” HLA klase I tumor specifičnih varijanti gena
Drugi medicinski izveštaj sa odabranim peptidima za proizvodnju vakcine
Naučno objašnjenje detekcije "NEOANTIGENA"
“Neoepitope” prepoznaju CD8+ citotoksični T limfociti i CD4+ T pomoćni limfociti.
“Neoepitopi” prepoznati od strane CD8+ T limfocita su obično veličine 8-10 aminokiselina i prezentovani su putem HLA I klase molekula, dok su “neoepitopi” prepoznati od strane CD4+ T pomoćnih limfocita obično duži (13-18 aminokiselina) I prezentovani su putem HLA II klase molekula. Kako bi imunoterapija bila uspešna, izbor “neoantigena” mora da uključi kako kratke, tako i dugačke peptide. Imuni odgovor za svakog pojedinačnog pacijenta može se pratiti tokom anti-tumorske vakcinacije putem analize aktivacije specifičnih T limfocita za određeni “neoepitop”.
Uzorak za analize
Normalno tkivo – 1-2ml krvi u EDTA epruveti ili DNA pacijenta (1-2 mikrograma) Tumorsko tkivo (najmanje 20% u uzorku) – parafinski blok(5x5x5mm) ili parafinske pločice (najmanje 10 rezova veličine 4-10 mikrograma, tkivo veličine 5x5mm). Analiza traje 4-6 nedelja. Po završenoj analizi pacijent u nekoliko navrata dolazi u Cegat laboratoriju u Tubingenu, Nemačka kako bi primio vakcinu.
