Onkogenetika

Personalizovana medicina

Opšteprihvaćena činjenica je da je svaki čovek jedinstven. Kada se osoba razboli dobija dijagnozu koja ima svoje ime na latinskom jeziku i oznaku slovom i brojem iz Međunarodne klasifikacije stanja i bolesti. To viđate na svakom izveštaju lekara koji ste dobili. Svaka ta dijagnoza za istu bolest ima isto latinsko ime i isti broj i slovo kod svakog pacijenta. Savremena medicina pokušava da za svakog pacijenta pronađe specifičnosti unutar iste dijagnoze i to je osnov personalizovane medicine. Te specifičnosti su, uglavnom, zasnovane na genetici pacijenta i često utiču na izbor terapije ili različite preventivne mere koje je moguće preduzeti da se bolest ne javi. Ja ću Vam pomoći da pronađete specifičnosti svoje bolesti i da zajedno sa nadležnim lekarom odaberemo najbolju moguću terapiju za lečenje Vaše bolesti a koja uzima u obzir Vašu jedinstvenost.

Ne postoji uniformna terapija za tumore
- svaki pacijent i svaki tumor je poseban

Svaki tumor

– posledica genetičkih promena u tumorskom genomu (somatske mutacije)

= tumori genetske bolesti.

 

Svaki 5.pacijent – predispozicija za tumor nasleđena

Tumorski razvoj
- iz ćelija sa mutiranim genima

Normalan proces – popravljanje sistemima popravke ćelijske DNA.

Izlaganje karcinogenima (materijama koje pospešuju nastanak karcinoma), kao što su duvanski dim ili UV zračenje povećava broj mutacija.

Loše popravljena mutacija – dovodi do nastanka karcinoma

Svaki tumor je poseban – sadrži specifične mutacije koje uzrokuju rast tumora

Genetičkom analizom saznajemo specifičnosti određenog tumora i određujemo efikasnu terapiju koja cilja samo ćelije koje imaju određenu mutaciju. Time sprečavamo da hemioterapija ošteti zdrave ćelije bez mutacija.

Cancer Precision test

Analiza panela od 766 gena koji su povezani sa tumorima i odabrane fuzije 31 gena koje utiču na terapijsku efikasnost. Varijacije u tim genima su poznate po uticaju na nastanak tumora, progresiju tumora i metastaziranje tumora.

Određivanje TMB (Tumor Mutational Burden), to jest potencijal tumora za mutacije kao MSI (Microsatellite Instability), to jest nestabilnost mikrosatelita DNA koji utiču na moguće terapije najnovijim imunomodulatornim lekovima. Ciljana analiza fuzija RNA omogućava određivanje fuzijskih transkripta u 106 gena.

• Pokriva visoki prosek sekvencioniranja kako bi pronašao subklonalne varijante gena: 500-1000 puta ponavljanje
• Senzitivnost 99,9%, Specifičnost 99,9%
• Ciljana analiza fuzija RNA baziranih fuzija gena – već za 3-4 nedelje od prijema uzorka

Medicinski izveštaj sadrži:

• Varijante mutacija sa potencijalnim terapijskim značajem

• Određivanje TMB I predviđanje MSI Predlog ciljane terapije – lek za svaku mutaciju

• Opsežno pojašnjenje puteva razvoja tumora

• Određivanje CNV (copy number variation) .

• Sekvencioniranje i tumorskog normalnog tkiva

Dodatne usluge:

• Proširena opcija izveštaja

• Analiza fuzija RNA

 

Uzorak za analizu treba da sadrži:

• Normalno tkivo – 1-2ml EDTA epruveta krvi

• Tumorsko tkivo – parafinske pločice patohistološkog nalaza tumora sa učešćem tumora u tkivu od minimum 20%

U dijagnostici tumora, najvažnije je odvojiti varijante koje su ograničene na tumor (somatske varijante) i uporediti ih sa onima koje predstavljaju zdravo tkivo (germline varijante). Jedini ispravan način za određivanje varijanti u zdravom tkivu je sekvencioniranje odgovarajućeg zdravog tkiva zajedno sa tumorskim tkivom.

Tumor Detect - tečna biopsija

Tečna biopsija predstavlja optimalnu proceduru testiranja u slučajevima gde tumorsko tkivo nije dostupno, kao na primer kod neresektabilnih tumora ili lošeg stanja pacijenta.
Glavni cilj – analiza slobodno ćelijske DNA(CfDNA) koja se otpušta u krv iz umirućih ćelija tumora.

Veoma osetljivom detekcijom tumor-specifičnih biomarkera, analiza slobodne ćelijske DNA može se koristiti za praćenje terapijskog odgovora i rezistencije na lekove.

 

STANDARDNI UZORAK

• 3 CfDNA epruvete sa po 10ml krvi
• Vreme obrade uzorka: 3-4 nedelje od prijema u laboratoriju
• Varijante sa mogućim uticajem na terapijski pristup
• Detekcija rezistencije na lekove
• Detekcija ponovnog javljanja tumora
• Jedinstvena tehnologija molekularnog dijagnostifikovanja

Najnovija tehnologija primenjena u CancerDetect omogućava pronalaženje mutacija u ciljanim regionima i sa jako malim postotkom tumorske DNA. Upotreba jedinstvenih molekularnih markera pre PCR-a, povećava senzitivnost i tačnost sekvencioniranja pronalazi varijante sa učestalošću od samo 0,25% U DNA.

Cancer Neo

Personalizovana tumorska vakcina – veoma snažna terapijska opcija za pojačavanje imunog odgovora na ćelije tumora.

Analiza exoma tumora pacijenta pronalazi tumor-specifične mutacije predviđa “neoepitope” koji su važna meta za uništavanje tumora. Ekspresija ovih “neoantigena” se potvrđuje analizom RNA prepisa ćelija iz uzorka sa tumorom.

“Neoepitopi” su patološki peptidi. Ćelije ljudskog tela stalno predstavljaju peptide na svojoj površini, tako pokazujući trenutno stanje unutar ćelije. Imune ćelije mogu prepoznati normalne peptide za razliku od patoloških i koristeći ovu informaciju odlučiti da li da unište ćeliju ili ne. “Neoepitopi” se proizvode usled mutacija u tumoru predstavljaju metu za eliminaciju tumora. Kako bi pojačali prepoznavanje “neoepitopa” daje se vakcina kao potpora terapiji tumora.

Detalji analize

Dijagnostika tumorskih “neoantigena”

Sekvencioniranje celog exoma tumorskog i normalnog tkiva koristeći Cegat Exomextra

Detaljna analiza varijanti 766 gena značajnih za terapijski izbor

Medicinski izveštaj sa listom varijanti od terapijskog značaja

Terapijske opcije zasnovane na somatskim mutacijama

Određivanje TMB (Tumor Mutational Burden) | MSI (MicroSatellite Instability)

Detaljan opis ćelijskih puteva značajnih za razvoj tumora

Detekcija CNV (Copy Number Variants)

Sekvencioniranje cele tumorske RNA

Tipiziranje i klase HLA gena

Predviđanje “neoepitopa” HLA klase I tumor specifičnih varijanti gena

Drugi medicinski izveštaj sa odabranim peptidima za proizvodnju vakcine

Antigen - prezentujuća ćelija

UZORAK ZA ANALIZE

Normalno tkivo – 1-2ml krvi u EDTA epruveti ili DNA pacijenta (1-2 mikrograma) Tumorsko tkivo (najmanje 20% u uzorku) – parafinski blok(5x5x5mm) ili parafinske pločice (najmanje 10 rezova veličine 4-10 mikrograma, tkivo veličine 5x5mm). Analiza traje 4-6 nedelja. Po završenoj analizi pacijent u nekoliko navrata dolazi u Cegat laboratoriju u Tubingenu, Nemačka kako bi primio vakcinu.

Naučno objašnjenje detekcije "NEOANTIGENA"

“Neoepitope” prepoznaju CD8+ citotoksični T limfociti i CD4+ T pomoćni limfociti.

“Neoepitopi” prepoznati od strane CD8+ T limfocita su obično veličine 8-10 aminokiselina i prezentovani su putem HLA I klase molekula, dok su “neoepitopi” prepoznati od strane CD4+ T pomoćnih limfocita obično duži (13-18 aminokiselina) I prezentovani su putem HLA II klase molekula. Kako bi imunoterapija bila uspešna, izbor “neoantigena” mora da uključi kako kratke, tako i dugačke peptide. Imuni odgovor za svakog pojedinačnog pacijenta može se pratiti tokom anti-tumorske vakcinacije putem analize aktivacije specifičnih T limfocita za određeni “neoepitop”.